韩春雨“诺奖级”成果遭质疑：如何正确看待实验的重复性？

说起中国目前最炽手可热的生物科学家，大家脑海里第一个跳出来的名字十有八九是韩春雨，除却研究的重大意义，韩春雨研究环境的简单、经费紧张已成为大家津津乐道的励志典范。但近日，方舟子公开发文对韩春雨的“诺奖级”论文的“实验的可重复性”提出了质疑。
以下为方舟子《河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验的重复性问题》的部分节选：这几天我陆续收到几家实验室的研究人员的来信，反映重复不出韩春雨论文中最关键的图4结果（切割基因组，T7E1和测序），呼吁我关注一下这事。
有些人已在网上生物专业论坛公开讨论此事，报告他们没法重复该实验，询问有谁重复出来了。目前还未见有人反映重复出了图4结果。有的能够重复论文中的图3结果（FACS和Western Blot），但那有可能是假阳性。

据听报告的人说，韩春雨在北大和遗传所的报告上都强调，他目前的NgAgo是初级版、需要高超的实验技巧、等他推出2.0版和Smart版。这些说法跟他在论文里的描述是矛盾的。因为他描述的只是个并不复杂的转染实验，T7E1和测序也都是现成的技术，并不需要高超的实验技巧，按照其提供的步骤应该是不难被重复出来的。

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我当然不怕被人肉，也不怕挨骂，所以在此问几个问题：
第一，有没有人重复出了韩春雨论文中的图4结果？有的话跟我说一下。
第二，据称韩春雨在遗传所的报告上说，重复出来和不能重复的比例是1：3，能重复出来的有20家。那么究竟有哪家实验室重复出来了？（指图4结果）这事没必要保密吧。
第三，韩春雨说做这个实验“需要高超的实验技巧”，那么究竟在哪个步骤需要什么样的高超实验技巧？
为什么一个新实验的结果别人都反映重复不出来，原因很多，比如可能是重复出来的都不吭声，重复不出来的实验技术不行，论文中隐瞒了关键的“实验技巧”（这不道德），或者论文报告的结果干脆就是编的（这更不道德）。一个新的科学发现、技术，需要经过别人的重复才得到公认。别人重复不出来，有疑问，是很正常的。

作为首创者应该做的是去消除疑问，而不是攻击、谩骂，否则那更让人怀疑。

重复性 = 真实性？

方舟子的质疑在网上一石激起千层浪，一些激进的人甚至直接提起了小保方晴子，声称：不能重复，真实性就不能保证！

的确，实验重现性一直是科学家们追求的目标，通常认为只有高重复率的实验才代表着真是的数据，但把重复性直接等同于真实性，答案还有待考证。Science期刊上的《Estimating the reproducibility of psychological science》通讯作者Brian Nosek关于此提出了他的论点。
他首先提到，研究者需要知道有些因素会导致"文章灌水"，以至于实验不可重复。一般的"文章灌水"有三种原因，第一是有倾向性地发表支持猜想的数据，第二是只发表有显着统计学意义的数据，第三是研究样本数量不够。这篇发表在《Science》上的研究，还给出了其他原因，即实验样品的差异、实验设定的差异以及实验完成的质量差异等等。
正如世界上没有完全相同的两片树叶一样，实验室样品也不能说完全一样，再加之每个实验室的设备质量、实际使用情况不一，实验室操作人员熟练程度的参差不齐，人员流动过大等等。比如弗吉尼亚大学研究平滑肌细胞的博士后Laura Shankman曾表示，如何整合各种方法本身就是一个项目，在短短一段时间里，数个博士后和研究生离开了她所在的实验室，而留下的人很难确保实验的一致性。所以客观上存在很多影响实验重现性的不可控因素。
然而，对于Brian Nosek等给出的这三种原因（实验样品的差异、实验设定的差异以及实验完成的质量差异），也有人并不十分认同前两者。对于实验完成的质量的问题，也可能存在这样的情况，即重复实验在数据上和原始实验存在显着性差异，很可能是重复实验时候没有处理好或者操作正确。所以，实验重现性不能作为检验实验假说的唯一标准， 但同时，我们也不能忽视实验重现性的作用，我们需要谨慎把握实验真实性和重现率的平衡。
方舟子的质疑

方舟子质疑的图片3：有人能重复（FACS和Western Blot），但那有可能是假阳性。

Figure 3： NgAgo works as an endonuclease and can cleave DNA targets in vivo.

在图片3中，研究人员在哺乳动物细胞中比较了NgAgo-gDNA系统和Cas9-sgRNA系统的编辑效率，发现NgAgo-gDNA系统让靶基因失活的效率与Cas9-sgRNA系统一样高。利用这种方法，他们还证实对NgAgo而言，单链gDNA的最佳长度是24个核苷酸左右。
方舟子质疑无法重复的图片4Figure 4： NgAgo can make targeted double-strand breaks in mammalian genome.

图片4中，设计了针对人DYRK1A基因的gDNAs，以及另外的八个不同基因的47条guides，效果均不错，作者还在乳腺癌细胞系MCF-7、人骨髓细胞系K562和HeLa细胞系在内的多种哺乳动物细胞系中测试了NgAgo-gDNA系统，结果发现在所有这些细胞系中，NgAgo都能够高效地诱导DYRK1A基因靶位点发生双链断裂，证明了其广泛的基因组靶向范围。

同时，作者也设计实验证明NgAgo介导的靶DNA切割对这个gDNA每个位置上的单核苷酸错配非常敏感：切割效率下降了73～100%，其中P8～P11位置上发生的单核苷酸错配导致最大的切割效率下降（85~100%），他们还发现任何3个连续位置发生错配会完全破坏这种切割，这些实验初步地证实NgAgo-gDNA系统是高度保真的。

正如知乎上的网友说的那样：科学的可贵之处就在于可以质疑别人的任何成果，任何人都可以质疑你的成果。质疑在科研成长之路上是必不可少的，你对质疑又是怎么看的呢？是垫脚砖还是拦路虎？

（本文来自bioon.com）

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